真菌DNA/RNA提取時樣本的預(yù)處理方法總結(jié)

  真菌是生物界的重要類群之一，在農(nóng)業(yè)、工業(yè)微生物研究中占據(jù)重要的地位。真菌DNA/RNA的提取為病原真菌起源、遺傳多樣性、致病性等科學(xué)研究提供了很大的便利。為確保實(shí)驗(yàn)的效果、獲得質(zhì)量更高的DNA/RNA提取，需要對樣本做好預(yù)處理，本文慧慶小編為大家總結(jié)一下真菌DNA/RNA提取時樣本的預(yù)處理方法。
  

  真菌DNA/RNA提取時樣本的預(yù)處理方法總結(jié)

  

  1. 關(guān)注不同類型樣本差異

  
  由于不同類型的樣本往往具有差異性較大的組成和形態(tài)，所以在取樣量和處理方式上是有很大不同的。舉例來講，酵母菌菌體小，取樣量應(yīng)該比其他菌菇類樣本取樣量適當(dāng)減少；草菇菌體疏松、易研磨，應(yīng)快速研磨并選擇研磨效果較輕的塑料研磨工具；金針菇、海鮮菇等比較難研磨的樣本則需要選擇金屬研磨工具。
  

  2. 選擇合適的取樣部位

  

  以四種食用菌為樣本，分別取菌蓋、菌褶相等質(zhì)量提取核酸，電泳結(jié)果見下圖：

  

  由圖可見，取樣部位選擇菌褶，提取核酸條帶的亮度和條帶數(shù)量明顯增多。所以結(jié)合不同樣本的具體情況，選擇合適的取樣部位，能夠獲得質(zhì)量更高的DNA/RNA。
  

  3. 注意樣本不同生長期的差異

  
  樣本萌芽期：個體生長迅速、細(xì)胞分裂快，核酸復(fù)制和表達(dá)均旺盛，基因組核酸和小片段核酸含量均豐富。營養(yǎng)代謝幾乎可以忽略，主要是細(xì)胞生長分裂所須的消耗，因此雜質(zhì)干擾相對較少。這個時期的樣本較易提取獲得相對完整、質(zhì)量和產(chǎn)量更高的核酸。
  
  快速生長期：相較萌芽期的個體營養(yǎng)代謝較為旺盛，因此提取核酸的雜質(zhì)干擾稍多。偶爾會出現(xiàn)獲得基因組條帶較少，小片段核酸較多的情況。
  
  生殖成熟期：細(xì)胞開始向不同的放方向分化，因此RNA含量較多，較易獲得RNA。
  
  營養(yǎng)積累期：菌菇個體的生長基本停滯，細(xì)胞分裂不旺盛，基因表達(dá)也較低，可能會呈現(xiàn)基因組DNA穩(wěn)定，RNA較少的情形。同時次生代謝產(chǎn)物較多，營養(yǎng)代謝也旺盛，因此雜質(zhì)干擾嚴(yán)重，所以提取核酸可能含有較多雜質(zhì)。
  

  4.考慮樣本所處環(huán)境的影響

  
  低溫脅迫、干旱脅迫、高溫高濕等特殊環(huán)境的影響：
  
  低溫脅迫：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)馮志勇等將25℃培養(yǎng)35d的香菇菌絲放在10℃的環(huán)境中進(jìn)行低溫處理0-24H，然后提取核酸對ESTs基因進(jìn)行擴(kuò)增，結(jié)果見下表：
  從上表數(shù)據(jù)可見，低溫脅迫6H或更長時間，ESTs基因至少有60%沉默表達(dá)，但隨著低溫脅迫時間延長，又逐漸恢復(fù)表達(dá)。
  
  
  反復(fù)凍融：反復(fù)凍融會造成細(xì)胞死亡和破裂，釋放出核酸及細(xì)胞內(nèi)的各種酶，造成核酸的降解。所以樣本要避免反復(fù)凍融，特別是需要提取完整基因組核酸，或需要提取比較脆弱易降解的RNA時。
  
  以上就是小編關(guān)于真菌DNA/RNA提取時樣本的預(yù)處理方法總結(jié)，希望對您有所幫助。慧慶生物專業(yè)從事核酸提取試劑、生物磁珠等的研發(fā)、生產(chǎn)、銷售業(yè)務(wù)，積累了豐富的技術(shù)和經(jīng)驗(yàn)，如果您有疑問及經(jīng)驗(yàn)建議分享，或者有相關(guān)采購需求等，歡迎您留言或者電話聯(lián)系我們。